Introducción Bash
Este curso ha sido cuidadosamente diseñado con el propósito de familiarizar a los participantes con los fundamentos de UNIX/LINUX, proporcionando las habilidades necesarias para la manipulación efectiva de directorios y archivos, así como su contenido. El conocimiento adquirido a través de este curso representa el primer paso esencial para desarrollar competencias en el manejo de software y la edición de archivos, facilitando así el análisis de datos a través de la línea de comandos.
Si te has inscrito en este curso, es probable que desees iniciar el análisis de tus secuencias de ADN o ARN. Es muy probable que ya hayas encontrado términos como "Unix", "Linux", "Línea de comandos" y "Terminal". Si tu conocimiento se limita a estos conceptos, estás en el curso indicado. El dominio de la línea de comandos es fundamental antes de adentrarte en tus análisis bioinformáticos. Aunque es posible que en los próximos años veamos un aumento en el desarrollo de software gráfico para tareas bioinformáticas, hoy en día, el uso de la terminal sigue siendo necesario y altamente beneficioso.
Este manual constituye una parte integral de un curso, ya sea presencial o en línea, centrado en la introducción a Bash como fundamentos esenciales de bioinformática. Se trata de un recurso complementario, por lo que se aconseja su lectura simultánea con la participación en el curso para maximizar el beneficio de aprendizaje.
Relevancia para la bioinformática
Una de las razones fundamentales reside en que la gran mayoría de los datos biológicos se expresan en formato de texto. Consideremos las secuencias de nucleótidos (A, T, C, G) o la representación de los aminoácidos (A, T, F, M, ...). Linux ofrece una variedad de comandos que pueden ser combinados para manipular estos archivos de manera eficiente. Además, al ser una plataforma gratuita, ambas características han contribuido significativamente a su relevancia en el ámbito de la bioinformática.
Un poco de historia
Unix, desarrollado en 1969 en los laboratorios Bell de AT&T, es un sistema operativo multiusuario, multitarea y portable. Su popularidad creció en los 70 y 80, distribuyéndose en universidades y entidades gubernamentales. La Universidad de California, Berkeley, añadió mejoras y programas, resultando en la Berkeley Software Distribution (BSD), que generó una disputa legal con AT&T.
En los 80, Richard Stallman inició el movimiento del software libre, desarrollando el sistema operativo GNU. Aunque GNU tenía todo, excepto el kernel, Linus Torvalds creó el kernel Linux en 1991. GNU/Linux se consolidó como un sistema operativo, aunque Unix y GNU/Linux no son equivalentes, ya que Unix es una marca registrada.
El término "free software" de Stallman evolucionó al movimiento de código abierto, basado en permitir a los usuarios ver, editar y distribuir el código bajo ciertos criterios. En esencia, todos los sistemas operativos tienen un kernel que controla la memoria y asigna recursos a procesos, facilitando su eficiencia, junto con utilidades como procesadores de texto y juegos.