Introducción QIIME 2
Qiime2 (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) es un pipeline desarrollado para el análisis de metataxonomía (Bolyen et al., 2019). Contiene herramientas para limpiar secuencias, agrupar, asignar taxonomía, reconstruir filogenias, inferir métricas de diversidad, abundancia diferencial, etc. Es de código abierto, posee una interfaz gráfica amigable, mucha documentación, tutoriales y foros de ayuda.
La siguiente imagen es un ejemplo de los análisis que se pueden hacer dentro de este pipeline.
Cada programa tiene una ayuda y un manual de usuario, es importante revisarlo y conocer cada parámetro que se ejecute. En terminal se puede consultar el manual con el comando man y también se puede consultar la ayuda con -h o --help, por ejemplo qiime tools import --help.