Asignación taxonómica

Utilizaremos sklearn para realizar la asignación taxonómica, por lo tanto utilizaremos una base de datos preentrenada. La puedes encontrar aquí.

# Clasificación con sklearn
qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier /home/luigui/databases/silva-138-99-515-806-nb-classifier.qza --i-reads results/03_rep-seqs.qza  --o-classification results/04_taxonomy_sklearn_assign.qza --p-n-jobs 4

# Obtener artefacto visualizable
qiime metadata tabulate --m-input-file results/04_taxonomy_sklearn_assign.qza --o-visualization results/04_taxonomy_sklearn_assign.qzv

Para poder visualizar diferencias signifcativas entre los grupos, podemos crear una serie de barplots con el siguiente comando:

# Obtener barplot
qiime taxa barplot --i-table results/03_feature-table.qza --i-taxonomy results/04_taxonomy_sklearn_assign.qza --m-metadata-file rawdata/metadata.tsv --o-visualization results/04_taxonomy_sklearn_barplot.qzv

Se puede exportar una tabla con la taxonomía para poder usarla fuera del pipeline de qiime.

qiime tools export --input-path results/04_taxonomy_sklearn_assign.qza --output-path results/05_taxonomy_exported

Podemos excluir grupos considerados como contaminantes, en este caso Chloroplast, para los siguientes análisis:

# Filtrar el cloroplasto
qiime taxa filter-table --i-table results/03_feature-table.qza --i-taxonomy results/04_taxonomy_sklearn_assign.qza  --p-exclude Chloroplast --o-filtered-table results/05_feature-table_filter_chloro.qza

qiime feature-table filter-seqs --i-data results/03_rep-seqs.qza --i-table results/05_feature-table_filter_chloro.qza --o-filtered-data results/05_rep-seqs_filter_chloro.qza

Para obtener la clasificación estratificada por niveles, utilizamos los siguientes comandos:

# Colapsar tabla por taxonomía con 7 niveles taxonómicos
qiime taxa collapse --i-table results/05_feature-table_filter_chloro.qza --i-taxonomy results/04_taxonomy_sklearn_assign.qza --p-level 7 --o-collapsed-table results/06_filter_table_collapse_sp.qza

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También puedes hacer la prueba haciendo la asignación taxonómica con blast o vsearch. Consulta la ayuda para que veas como modificar el comando en este caso.