Remoción de adaptadores

Como no hemos hecho ningún preprocesamiento a los datos y sabemos que nuestras secuencias tienen adaptadores, los removeremos con cutadapt dentro de QIIME2.

¿Qué tanto podemos hacer con este comando?

qiime cutadapt trim-paired --help

Ahora si removamos los adaptadores, puedes modificar, agregar parámetros al script para mejorar.

# Quitar los adaptadores
qiime cutadapt trim-paired --i-demultiplexed-sequences results/01_demux.qza --p-front-f CTCCTACGGGAGGCAGCAG --p-front-r CTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTC --o-trimmed-sequences results/02_demux_clean_adapter.qza

# Obtener archivo visualizable
qiime demux summarize --i-data results/02_demux_clean_adapter.qza --o-visualization results/02_demux_clean_adapter.qzv

Observemos el archivo 02_demux_clean_adapter.qzv , ¿qué ocurrió con la calidad?