Instalación de QIIME 2
Requisitos previos:
- Linux o macOS (QIIME 2 no es compatible con Windows, pero puedes usar una máquina virtual o un entorno basado en contenedores como Docker).
- Python 3.6 o superior.
Pasos generales para la instalación:
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Crear un entorno virtual (opcional pero recomendado):
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Crea un entorno virtual para QIIME 2 utilizando
conda
. Puedes instalarconda
desde Anaconda o Miniconda.conda create -n qiime2-2023.9 python=3.10
conda activate qiime2-2023.9 -
Ten en cuenta que "2023.9" es la versión específica de QIIME 2. Puedes verificar la versión más reciente en la página de instalación de QIIME 2.
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Instalar QIIME 2:
- Utiliza el siguiente comando para instalar QIIME 2 en el entorno virtual que creaste.
wget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2023.9-py38-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2023.9 --file qiime2-amplicon-2023.9-py38-linux-conda.yml- Esto instalará la versión específica de QIIME 2 (2023.9) junto con las dependencias necesarias.
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Activar QIIME 2:
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Después de la instalación, activa el entorno QIIME 2.
conda activate qiime2-2023.9
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Verificar la instalación:
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Puedes verificar que QIIME 2 está instalado correctamente ejecutando el siguiente comando:
qiime --help
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Esto debería mostrar la ayuda de QIIME 2.
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Recuerda que estos pasos están basados en la información disponible hasta la última actualización disponible al 1 de Diciembre del 2023. Te recomiendo consultar la documentación oficial de QIIME 2 para obtener la información más reciente sobre la instalación.