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Instalación de QIIME 2

Requisitos previos:

  • Linux o macOS (QIIME 2 no es compatible con Windows, pero puedes usar una máquina virtual o un entorno basado en contenedores como Docker).
  • Python 3.6 o superior.

Pasos generales para la instalación:

  1. Crear un entorno virtual (opcional pero recomendado):

    • Crea un entorno virtual para QIIME 2 utilizando conda. Puedes instalar conda desde Anaconda o Miniconda.

      conda create -n qiime2-2023.9 python=3.10
      conda activate qiime2-2023.9
    • Ten en cuenta que "2023.9" es la versión específica de QIIME 2. Puedes verificar la versión más reciente en la página de instalación de QIIME 2.

  2. Instalar QIIME 2:

    • Utiliza el siguiente comando para instalar QIIME 2 en el entorno virtual que creaste.
    wget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2023.9-py38-linux-conda.yml
    conda env create -n qiime2-2023.9 --file qiime2-amplicon-2023.9-py38-linux-conda.yml
    • Esto instalará la versión específica de QIIME 2 (2023.9) junto con las dependencias necesarias.
  3. Activar QIIME 2:

    • Después de la instalación, activa el entorno QIIME 2.

      conda activate qiime2-2023.9
  4. Verificar la instalación:

    • Puedes verificar que QIIME 2 está instalado correctamente ejecutando el siguiente comando:

      qiime --help
    • Esto debería mostrar la ayuda de QIIME 2.

Recuerda que estos pasos están basados en la información disponible hasta la última actualización disponible al 1 de Diciembre del 2023. Te recomiendo consultar la documentación oficial de QIIME 2 para obtener la información más reciente sobre la instalación.