Evaluación
Herramientas Bioinformáticas para el análisis de Microbiota
También puedes descargar el archivo aquí. Envía tus respuestas a adrian.ochoa@ibt.unam.mx y luigui.gallardo@ibt.unam.mx.
Nombre del Estudiante: _________________________
Fecha: _________________________
Instrucciones: Responde a cada pregunta escribiendo el comando correcto de Bash.
1. Preguntas de Selección Múltiple (2 puntos cada una, total 10 puntos)
a. ¿Cuál es el comando para mostrar el directorio de trabajo actual?
Respuesta: ________________
b. ¿Cómo crear un nuevo directorio llamado "mi_directorio"?
Respuesta: ________________
c. ¿Cuál es el comando para listar el contenido de un directorio?
Respuesta: ________________
d. ¿Cómo eliminar un archivo llamado "archivo.txt"?
Respuesta: ________________
e. ¿Cuál es el comando para copiar un archivo de un directorio a otro?
Respuesta: ________________
2. Comandos de Navegación (3 puntos cada uno, total 9 puntos)
a. Cambia al directorio "/home/usuario/documentos". Escribe el comando.
Respuesta: ________________
b. Vuelve al directorio anterior. Escribe el comando.
Respuesta: ________________
c. Navega al directorio raíz. Escribe el comando.
Respuesta: ________________
3. Preguntas Prácticas (5 puntos cada una, total 10 puntos)
a. Crea un archivo llamado "notas.txt" en el directorio actual y añade la siguiente línea de texto: "Esto es un archivo de notas."
Respuesta: ________________
b. Muestra el contenido del archivo "notas.txt".
Respuesta: ________________
4. Comandos Avanzados (5 puntos cada uno, total 10 puntos)
a. ¿Cuál es el propósito del comando grep en Bash?
Respuesta: ________________
b. Utiliza el comando echo junto con un comando de expansión para imprimir "Hola, [tu nombre]" en la consola.
Respuesta: ________________
5. Preguntas sobre QIIME 2 (7 puntos cada una, total 14 puntos)
a. ¿Cuál es el comando para activar el entorno de QIIME 2?
Respuesta: ________________
b. Describe brevemente el propósito de QIIME 2 y en qué tipo de análisis es comúnmente utilizado.
Respuesta: ________________
c. ¿Cómo importar datos de secuenciación de ADN en formato FASTQ a QIIME 2?
Respuesta: ________________
d. Explica la diferencia entre los comandos qiime feature-table summarize y qiime taxa barplot en QIIME 2.
Respuesta: ________________
e. Utilizando QIIME 2, describe cómo se puede realizar un análisis de diversidad alfa utilizando el índice de Shannon.
Respuesta: ________________
6. Pregunta Práctica de QIIME 2 (10 puntos)
a. Supongamos que tienes un archivo llamado "secuencias.qza" que contiene datos de secuenciación de amplicones. Utiliza QIIME 2 para realizar el siguiente análisis:
- Importa los datos.
- Filtra las secuencias para conservar solo aquellas con una longitud mínima de 300 bases.
- Realiza un agrupamiento de OTU (Operational Taxonomic Units) utilizando el método de clustering de referencia cerrada.
Respuesta: ________________
Puntuación Total (incluyendo preguntas de QIIME 2): _______/63