Documentos iniciales
Datos crudos
Crea una liga simbólica (ln -s) a los datos crudos, metadata.tsv y manifest.csv.
ln -s /home/luigui/rawdata .
Ya que copiaste los archivos necesarios, lista el contenido de tus directorio rawdata .
Metadata
Veamos que contiene el archivo metadata.tsv
cat rawdata/metadata.tsv
| sample-id | group |
|---|---|
| sample_1 | probiotics |
| sample_2 | probiotics |
| sample_3 | probiotics |
| sample_4 | control |
| sample_5 | control |
| sample_6 | control |
Archivo manifest
Qiime2 requiere de un archivo manifest que contenga la ubicación e información de los archivos fastq. Para visualizar el archivo manifest utiliza la siguiente línea de comando:
cat rawdata/manifest.csv
| sample-id | absolute-filepath | direction |
|---|---|---|
| sample_1 | /home/luigui/rawdata/sample_1_R1.fastq.gz | forward |
| sample_1 | /home/luigui/rawdata/sample_1_R2.fastq.gz | reverse |
| sample_2 | /home/luigui/rawdata/sample_2_R1.fastq.gz | forward |
| sample_2 | /home/luigui/rawdata/sample_2_R2.fastq.gz | reverse |
| sample_3 | /home/luigui/rawdata/sample_3_R1.fastq.gz | forward |
| sample_3 | /home/luigui/rawdata/sample_3_R2.fastq.gz | reverse |
| sample_4 | /home/luigui/rawdata/sample_4_R1.fastq.gz | forward |
| sample_4 | /home/luigui/rawdata/sample_4_R2.fastq.gz | reverse |
| sample_5 | /home/luigui/rawdata/sample_5_R1.fastq.gz | forward |
| sample_5 | /home/luigui/rawdata/sample_5_R2.fastq.gz | reverse |
| sample_6 | /home/luigui/rawdata/sample_6_R1.fastq.gz | forward |
| sample_6 | /home/luigui/rawdata/sample_6_R2.fastq.gz | reverse |
Ahora si tenemos todos los datos de entrada para comenzar con el pipeline.
Visualizar calidad de los archivos
Una de las herramientas más utilizadas para visualizar la calidad de los archivos fastq es fastqc. Para usar este comando en nuestros datos podemos utilizar los siguientes comandos:
# Para crear el directorio donde depositar los resultados
mkdir results results/00_fastqc
# Para correr fastqc en todos nuestros archivos
for s in rawdata/*gz ; do fastqc $s -o results/00_fastqc ; done
Importar los datos
Para importar los datos utiliza los siguientes comandos:
mkdir results
qiime tools import --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' --input-format 'PairedEndFastqManifestPhred33' --input-path rawdata/manifest.csv --output-path results/01_demux.qza
Veamos como se ven las secuencias que estamos analizando. Puedes descargar el archivo results/01.demux.qzv que acabas de generar o puedes descargarlo desde este repositorio y verlo en QIIME2view.
Recuerda que cada comando tiene parámetros que hay que ajustar al set de datos en cuestión. Para conocer más el tipo de datos que se pueden importar, puedes visitar esta página.