Denoising

Antes de comenzar el denoising , veamos la ayuda.

qiime dada2 denoise-paired --i-demultiplexed-seqs --help

Como habrás notado, es necesario tomar decisiones basadas en la calidad de nuestras lecturas para definir los valores de truncado. Es muy importante dener en cuenta la longitud de las lecturas y del amplicón deseado para tener una idea de la longitud del sobrelape que se obtendría.

(longitud lectura Fordware) + (longitud lectura Reverse) − (longitud del amplicon) − 
(longitud lectura Fordware − --p-trunc-len-f value) − (longitud lectura Reverse − --p-trunc-len-r value) 
= sobrelape

En esta prueba consideraremos los siguientes parámetros:

qiime dada2 denoise-paired --i-demultiplexed-seqs results/02_demux_clean_adapter.qza --p-trunc-len-f 140 --p-trunc-len-r 140 --o-representative-sequences results/03_rep-seqs.qza --o-table results/03_feature-table.qza --o-denoising-stats results/03_denoising-stats.qza --p-n-threads 4

Para conocer la información del denoising podemos correr el siguiente comando:

qiime tools export --input-path results/03_denoising-stats.qza --output-path results/03_denoising-stats